碇真嗣已经不想重启世界了，碇源渡也已经接受了每年七夕见妻子的现实，而碇唯则前去探索宇宙。
人类在浩瀚的宇宙中非常渺小，碇唯知道只有多收集情报才能保护人类。要知道连使徒都是来自宇宙深处，这说明宇宙中肯定存在了不得的文明。
虽然《死海文书》说一切都是由世界树开始的，使徒和人类的不同是因为使徒吃了生命之果，人类吃了智慧之果，朗基努斯之枪是世界树的树枝，但这是古代人类的艺术创作，其中掺杂了大量的宗教想象。虽然《死海文书》内确实记录了所有使徒的存在，也记录了亚当和莉莉丝的沉睡地址，但并没有解决使徒到底是从哪里来的这个问题，也没有解决为什么主导融合可以重启时间线。
使徒来自宇宙这是可以确定的，因为在月球上也有一个神秘的巨大物体，远古人类对使徒的了解太少，所以添加了很多的想象。
不过就算渚薰也不知道使徒到底是什么，他们的存在好像就是为了融合，但为什么融合，渚薰也不知道，就好像是预先设定的情报。有时候也是细思极恐，或许使徒和人类很可能是被某一种更高级的文明设计出来的。
如果真的有制造使徒的文明，那么碇唯一定要找到他们，不管花费多少时间也在所不惜。其实她觉得根本不用每年和家人团聚，毕竟她早就决定牺牲小家为大家，从她成为改良选择派开始，她代表的就是改良选择派，而不是自己。
当年刘邦父亲被项羽抓了，项羽要煮了他，刘邦没有说让大军进攻，而是说‘分一杯羹’。因为刘邦是首领，他不能从个人角度思考问题，士兵们跟着他并不是为了他个人的私事，而是为了自己能有饭吃。
碇唯既然是改良选择派的创始人，如果碇源堂被使徒抓了，那么她也只能说一句‘分一杯羹’。她不能为了家人耽误改良派的使命。
所以这家人都有了各自的选择，碇真嗣也已经长大，他现在也有自己的工作，已经不需要父母的安排了。他已经接受了分分合合的现实，接受社会运转的规则。
一个主张会分为原教义、改良派、篡夺派、反对派，不仅仅是seele如此，可以说是任何的大势力都会这么发展。然后不停地对抗合作，吞并消灭，最后再次统一。统一之后再次分开……
碇真嗣已经很清楚人类社会的规律就是如此，一旦接受了这种设定就不会觉得有什么问题了。
seele就是接受不了这样的设定才会想着融合，才会设计《人类补完计划》，希望人类灵魂融为一体，这样就万事大吉了。可惜融合之后还是会分开，融合并不是终点，只是起点。人类分裂的状态才是融合的终点。
“好了，差不多搞定了。”杜兰表示三个主角都有幸福的结局了，迪妮莎也再次收集了一大堆绫波丽克隆体。这些克隆体里都有莉莉丝的灵魂碎片，都是完整的人，只是需要教育。
绫波丽克隆体很多都很调皮，所以都要对她们的性格进行一定的调整，不然就会变成毒舌绫波丽，会非常敏锐地洞悉人类的内心，一个个都好像小恶魔一样。只有压制了感情，她们才是三无美少女，才会安安静静。