围攻绛州的三十六营义军虽然知道大同薛家军回来救援，却没有想到薛家军来得这么快，薛家军的人马会如此的多，仓皇之下兵败如山倒，二十多万大军基本上没有像样就作鸟兽散了。
紫金梁王自用没有来得及召集兵马，哈日珠拉帐下万夫长阿如罕，率领蒙古铁骑已经踏破王自用的中军，犹自要负隅顽抗的王自用，被部将张述圣、姬三儿挟离了中军，王自用刚刚离开中军大营，整个营盘就被阿如罕的蒙古大军占领，不久逃出来的败兵告诉王自用，大将黄虎已经死在乱军之中了，王自用知道败局已定叹了口气，率领部分人马投万荣去会合闯王高迎祥部。
蒙古阿如罕的骑兵后发先至，所部包括薛九、薛十、薛庆益、肖参将、刘国永的四千人马，会合薛六的大同军，两万多将士六万多战马，那阵势端的是千军万马，人农民出身的起义军吓破了胆，整个起义军几乎是不战自溃。
绛州城军民得知义军杀到，在王大军的率领下出城聚歼残敌，杀死和俘虏义军达到五万多人，其中俘获的义军首领就有大名鼎鼎的撞塌天刘国能，随后阿如罕、薛六转攻武平关方向的义军，哪知道见机得快的点灯子赵胜、闯王高迎祥、不沾泥张存孟、八大王张献忠、、曹*罗汝才不战而逃，扫地王、邢红狼，黑煞神、乱世王、张妙手、白九儿、一阵风、七郎、大天王、九条龙、四天王、上天猴、丫头子，齐天王、映山红也跟风逃走，阿如罕、薛六不战解了武平关之围，雷霸天、温存阳率领武平关军民出关还是缴获了义军遗失大量帐篷牛羊粮食财物，算是狠狠的发了一笔横财。
薛六遵照薛云的既定政策，有选择的招募了一批农民军俘虏，人数在五千人上下，然后根据农民军互相之间的举报，斩杀了八千带有血债的义军头目和士兵，并把剩余的两万多义军释放，发给少量的粮食许他们去投盘踞在万荣的起义军。
不过这些去投奔万荣的义军俘虏，在途中遭到来自沁水的曹文诏部的攻击，手无寸铁的义军俘虏，被曹文诏、曹变蛟叔侄屠杀过半，这些被薛六释放的义军俘虏，只有五六千人义军逃到了万荣，其余的义军纷纷四散奔逃，后来很多义军将士逃到北直隶、河南、山东境内流浪作乱。
紫金梁率领闯将李自成、满天星、李晋王、党家、破甲锥、八金刚、混天王、蝎子块、催山虎、冲天柱、油里滑、屹烈眼败至万荣，十余万人马损失过半，特别是李晋王、党家、破甲锥、八金刚几部几乎全军覆没，王自用所部同点灯子赵胜、闯王高迎祥、不沾泥张存孟等部会合，还是有近十七八万人马，而薛家军并没有乘胜追击，这使得三十六营的义军松了一口气，不过这些义军再不愿意跟薛家军作战，吵闹着要杀回陕西去。
自绛州兵败王自用的威信大降，又得被放回来的义军报告，薛家军愿意跟义军井水不犯河水，这使得三十六营的义军头领更无战意，甚至还恨上了李自成、张献忠两个积极主张攻打薛家军的祸包，特别是是张献忠被爆出跟米脂薛家军的旧怨，愤怒的三十六营义军首领差点张献忠撕成碎片，还好在闯王高迎祥的庇护下，在武平关损失惨重的张献忠，率先从荣河逃入了陕西境内的韩城。
随后紫金梁王自用顺从众议，等到自己和点灯子的老营从大宁、石鼓来投，就率领陕西三十六营义军从韩城返回陕西，到了韩城之后义军分裂成两大股，闯王高迎祥、点灯子赵胜、不沾泥张存孟、闯将李自成、八大王张献忠、曹*罗汝才等留在陕西南部活动，紫金梁王自用率领老回回马守应、混天王、蝎子块、催山虎、冲天柱、油里滑、屹烈眼、上天猴、丫头子等北上会合绥德州的王子王照希，得知三边总督洪承畴去了山西，一举攻下了葭州城，毛知县趁乱逃走，守备郭景嵩阵亡，接着王自用再陷府谷、神木，占领了陕西整个东北角，兵锋之盛远超横天一字王王嘉胤当年。
王自用的实力还是陕西义军中的老大，不过久走夜路吃了亏的王自用，对米脂高家军寨是敬而远之，甚至在位子王照希控制的绥德州，也没有加派一兵一卒，更不要说去拿下绥德城了，就是这样王照希跟王自用还是逐渐陷入了水火不容的境地。
在薛家军和陕西义军绛州之战中，获利的除了客军曹文诏部之外，平阳府的官军有获利颇丰，薛六考虑到保护杭州至大同的商路，也为了给日后留下合作的空间，薛家军对平阳府官军奉送了大量从义军缴获的战利品，足够平阳府官军报一个歼灭上万义军的大功，而平阳府官军中，千总赵日满更是得到了查干巴日的馈赠，二人私下连续见了几次面，从此赵日满成了薛家军埋在平阳府官军里的内线。
薛六为了加强绛州和武平关的实力，征求了薛九、薛十的意见，由薛九、薛十率领本部人马，各领一千从俘虏征召的新兵，驻守绛州城和武平关，其他三千新兵补充给了薛庆益、肖参将、刘国永所部，八月十一日，薛六得知大同城生变，急忙辞别李知州、薛九、薛十等，率领本部人马和阿如罕的蒙古军返回大同城。